質量分析法はイオン化した試料を真空中で加速して、電場や磁場との相互作用を利用して、質量を測定する方法である。

高真空下で一方向に加速されたイオンが電場または磁場を通過する時、質量電荷比（m/z）が小さいイオンほどイオンの軌道は大きく曲げられる。

質量分析装置は、イオン化部、質量分析部、回折格子、検出・解析部からなる。

質量分析法で、最も古くから用いられている一般的なイオン化法はマトリックス支援レーザー脱離イオン化（MALDI）法である。

電子イオン化（EI）法では、通常分子から2個の電子が放出され、+2価の陽イオンラジカルが生成する。

化学イオン化（CI）法は電子イオン化（EI）法と比べ、比較的不安定な試料のイオン化に適している。

難揮発性で熱に不安定な極性試料のイオン化には、高速原子衝撃イオン化（FAB）法が適用できる。

液体クロマトグラフ質量分析装置（LC-MS）のイオン化では、電子イオン化（EI）法がよく用いられる。

質量スペクトルの縦軸には質量電荷比を表す。

質量電荷比の最も大きなピークを基準ピークという。

塩素1個を含む分子の分子イオンピークと、その同位体イオンピークの強度比[M]+：[M+2]+は、おおよそ3：1となる。

フラグメンテーションにより生成したイオンの中で、最も強度が大きいピークが基準ピークとなる。

電子イオン化（EI）法でのフラグメンテーションは、単純開裂のみである。

高分解能で測定すると、各イオンの蘇生式を知ること各イオンの組成式を知ることができる。 一酸化炭素（MW：27.9949）と窒素（MW：28.0061）を分離できる分解能は、おおよそ1000である。

CH3CO-基は m/z 43 にピークが出現し、フェニル基は m/z 77 にピークが出現する。

分子イオンピークが2マスユニット間隔で 1：2：1 の強度比で現れた場合、臭素を1つ含むと推定できる。

分子イオン [M]+ からエチレンが脱離すると、[M-28]+ にピークが観測される。

気化した試料に熱電子流を照射すると、分子内の電子がはじき出されて正の電荷を持った分子イオンとなる。このイオン化法をEI法という。

化学イオン化（CI）法は、生体高分子を非破壊でイオン化する方法である。

常圧でイオン化できる方法は、未だ開発されていない。

質量スペクトルの中で強度が1番大きいピークは、分子イオンピークと呼ばれる。

イオン化の際、過剰のエネルギーを受け取った分子イオンは、弱い結合が開裂して質量のより小さなフラグメントイオンを生成する。