修正申告が、その申告に係る関税についての調査があったことにより当該関税について更正があるべきことを予知してされたものでない場合において、その申告に係る関税についての調査に係る税関による事前通知がある前に行われたものであるときは、過少申告加算税は課されない。

過少申告加算税の額が1万円未満である場合には、過少申告加算税は徴収されない。

修正申告に基づき過少申告加算税が課される場合において、当該修正申告がその申告に係る関税についての調査があったことにより当該関税について更正があるべきことを予知してされたものであるときは、当該修正申告に基づき納付すべき税額に100分の5の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税が課される。

更正に基づき過少申告加算税が課される場合において、当該更正に基づき納付される税額（当該更正前に当該更正に係る関税について修正申告又は更正がされたときは、その関税に係る累積増差税額を加算した金額）が、その関税に係る当初申告に係る税額に相当する金額と100万円とのいずれか多い金額を超えるときは、その超える部分に相当する税額に100分の5の割合を乗じて計算した金額を加算した過少申告加算税が課される。

修正申告に基づき過少申告加算税が課される場合において、当該修正申告前に当該修正申告に係る関税について当初申告により納付すべき税額を減少させる更正（更正の請求に基づく更正を除く）があったときは、当該修正申告により納付すべき税額から当該当初申告に係る税額に達するまでの税額として計算した金額を控除した税額について、過少申告加算税が課される。

"過少申告加算税の額が10,000円未満である場合においては、これを徴収せず、当該過少申告加算税の額に100円未満の端数がある場合においては、これを切り捨てる。

輸入者に課税標準の確定に日時を要する事情があり、輸入の許可前における貨物の引き取りの承認を受けて貨物が引き取られた場合には、その輸入の許可後に当該貨物の納税申告に係る納付すべき税額を増加させる更正があったときであっても、当該更正により納付すべき税額に過少申告加算税が課されることはない。

環太平洋パートナーシップに関する包括的及び先進的な協定の規定に基づく関税の譲許の便益の適用を受けるものとして輸入（納税）申告が行われた貨物について、税関長が、当該貨物が当該譲許の便益の適用を受けるための要件を満たしてないことについて輸入者に通知を行った場合において、当該輸入者が直ちに当該申告に係る納付すべき税額を修正する申告（修正申告）を行ったときは、当該修正申告により納付すべき税額に過少申告加算税が課されることはない。

更正に基づき過少申告加算税が課される場合において、当該更正により納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちに、当該更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、当該更正により納付すべき税額からその正当な理由があると認められる事実に基づく税額として計算した金額を控除した税額を基礎として計算した過少申告加算税を課する。

"過少申告加算税の額の計算の基礎となる税額が10,000円未満である場合においては、過少申告加算税は課さず、当該税額に10,000円未満の端数がある場合においては、これを切り捨てて計算する。

修正申告が、その申告に係る関税についての税関による調査があったことにより当該関税について更正があるべきことを予知してされたものであっても、当該修正申告が更正の前に行われたときは、過少申告加算税は課されない。

輸入の許可前における貨物の引取りの承認を受けて引き取られた外国貨物については、過少申告加算税が課されることはない。

過少申告加算税の計算の基礎となる関税額が5万円未満である場合には、過少申告加算税は課されない。

"無申告加算税の額が5000円未満である場合においては、これを徴収せず、当該無申告加算税の額に100円未満の端数がある場合においては、これを切り捨てる。

過少申告加算税が課される場合において、納税義務者が納付すべき税額の計算の基礎となるべき事実の一部を隠蔽し、その隠蔽したところに基づき納税申告をしていたときは、その税額の計算の基礎となるべき事実で隠蔽されていないものに基づくことが明らかであるものがあるときであっても、当該納税義務者に対し、過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額の全部について、過少申告加算税に代え、重加算税が課される。

過少申告加算税が課される場合において、納税義務者が納付すべき税額の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠蔽し、その隠蔽したところに基づき納税申告をしていたときは、当該納税義務者に対し、過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額に係る過少申告加算税に代え、当該基礎となるべき税額に100分の30の割合を乗じて計算した金額に相当する重加算税が課される。

納付すべき税額の計算の基礎となるべき事実で隠蔽されたものに基づき修正申告が行われ重加算税を課する場合において、当該修正申告があった日の前日から起算して5年前に日までの間に、関税について、無申告加算税を課されたことがあっても、重加算税として課される関税の額の加算は行われない。

税関長は、関税に係る過誤納金を還付すべき場合において、その還付を受けるべき者につき納付すべきこととなった関税があり、その還付すべき金額をその納付すべきこととなった関税に充当したときは、その旨をその還付を受けるべきであった者に通知しなければならない。

保税地域（保税蔵置場）にある外国貨物を見本として一時持ち出そうとする者は、税関長の許可を受けなければならない。

保税地域にある外国貨物を廃棄しようとする者は、当該外国貨物の滅却について税関長の承認を受けている場合を除き、あらかじめその旨を税関に届け出なければならない。

保税地域にある外国貨物を見本として一時持ち出そうとする場合は、輸入（納税）申告をしなければならない。

単に運航の自由を失った船舶に積まれている外国貨物は「難破貨物」に含まれ、税関長の許可を受けることなく保税地域以外の場所に置くことができる。

許可を受けて保税地域外に置かれている外国貨物については、内容の点検、改装、仕分けその他の手入れを行うことはできない。

保税蔵置場において貨物を管理する者は、輸出の許可を受けた貨物を除き、その管理する外国貨物についての帳簿を設け、必要な事項を記載しなければならない。

財務大臣は、指定保税地域を利用して行われる外国貿易の減少その他の事由によりその全部又は一部を存置する必要がないと認めるときは、これについて指定保税地域の指定を取り消すことができる。