人では腸内に約（1000）種、約（40）兆個の腸内細菌がいると言われている。人間の一人の細胞が約37兆個であるため、腸内には人間の細胞以上の数の細菌がいる。犬猫もおそらく同じくらいいると言われている。

腸内マイクロバイオームとは、マイクロバイオームが特定の環境に生息する（微生物の集団）＋その（ゲノム情報）を指すので、腸内に生息している（微生物集団）＋その（ゲノム情報）を指す。

腸内フローラとは（腸内細菌叢）と同義語

腸内細菌叢の代謝産物として代表的なものに、（短鎖脂肪酸）、（胆汁酸）、（トリプトファン代謝物）などがある。これら以外にも腸内細菌叢の代謝産物は生体の恒常性や疾病の発症に関与している。

短鎖脂肪酸は大腸内で（食物繊維）を発酵代謝することにより産生される。（酢酸）、（プロピオン酸）、（酪酸）などがある。

酢酸はマウスにおいて（制御性T）細胞を増加することでアレルギー気管支肺炎を抑制

プロピオン酸はアレルギー反応において重要な（マスト）細胞や（好酸球）の活性化を抑制する

酪酸は（腸粘膜バリア）機能の向上や（抗炎症）効果を発揮

胆汁酸の役割は食物として摂取された（脂質）や（脂溶性ビタミン）の吸収を促進する。肝臓において（コレステロール）から合成される。

胆汁酸には一次胆汁酸と二次胆汁酸があり、一次胆汁酸は（Clostridium hiranonis）という細菌が二次胆汁酸に変換する。

トリプトファンは腸内細菌叢によって代謝され、（インドール代謝物）が産生される。これは腸管上皮や腸管免疫の恒常性、（腸管バリア）機能の維持、中枢神経系において（炎症抑制）効果を発揮する。

生物の分類は（界）、（門）、（綱）、（目）、（科）、（属）、（種）に分類される。 例えばヒトは 動物界―脊索動物門―哺乳綱―霊長目―ヒト科―ヒト属―サピエンス種

ヒトの腸内細菌叢は（バチロータ）門、（バクテロイデ）門、（シュードモナドータ）門、（アクチノマイセトータ）門の４つで構成されている。犬猫はこれに（フソバクテリア）門が加わった5つで構成

下部消化管は小腸である（十二指腸）、（空腸）、（回腸）、大腸である（盲腸）、（結腸）、（直腸）に分かれるが。

酸素濃度は小腸側に近いほど（高く）、大腸の奥に行くほど（低い）。このため好気性菌と嫌気性菌の分布も異なってくる

通性嫌気性菌は（酸素があっても生きていける） 偏性嫌気性菌は（酸素があると生きていけない）

大腸の奥地はほぼ酸素がない嫌気状態なので偏性嫌気性菌が生息している。プロバイオティクスで有名な（ビフィズス）菌も偏性嫌気性菌である。

ディスバイオーシスとは（細菌叢のバランスが崩れた状態）のこと

腸内細菌叢は生体に対する機能面から大まかに分けると有用菌である（善玉菌）、病原性菌である（悪玉菌）、大腸菌、連鎖球菌などの（日和見菌）に分けられる。