特例輸入者が貨物を保税地域に入れて輸入の許可を受けようとする場合には、当該貨物に係る輸入申告を電子情報処理組織（NACCS）を使用して行うときであっても、当該輸入申告は当該保税地域の所在地を所轄する税関長に対してしなければならない。

特例委託輸入者は、輸入しようとする貨物を保税地域等に入れる前に、電子情報処理組織（NACCS）を使用して当該貨物に係る輸入申告を行うことができる。

輸入しようとする貨物について、関税暫定措置法第8条に規定する加工又は組立てのため輸出された貨物を原材料とした製品の減税の適用を受けようとする場合には、当該貨物を輸入しようとする者が特例輸入者であって、その輸入申告を電子情報処理組織（NACCS）を使用して行う時であっても、当該輸入申告は当該貨物を入れる保税地域の所在地を所轄する税関長に対してしなければならない。

特例輸入者が行う特例申告については、当該申告にかかる貨物を入れた保税地域の所在地を所轄する税関長に対してしなければならない。

特定輸出者が保税地域に入れた貨物を輸入しようとする場合において、その輸入申告を電子情報処理組織（NACCS）を使用して行うときは、当該輸入申告を認定通関業者に委託しないときであっても、いずれかの税関長に対して当該輸入申告をすることができる。

特例輸入者は、電子情報処理組織（NACCS）を使用することなく輸入申告を行う場合であっても、税関長の承認を受けることなく、その申告に係る貨物を保税地域に入れないで輸入申告を行うことがてきる。

特例輸入者は、電子情報処理組織（NACCS）を使用することなく輸入申告を行う場合であっても、その申告に係る貨物を入れる保税地域の所在地を所轄する税関長以外のいずれかの税関長に対して、輸入申告をすることが出来る。

特例輸入者が特例申告に係る貨物の輸入申告を行う場合には、当該貨物を保税地域に入れた後にするものとされている。

特例輸入者に係る特例申告貨物について、経済連携協定における関税についての特別の規定による便益の適用を受けようとする場合において、その貨物の課税価格の総額が20万円を超えるときは、当該貨物の輸入申告の際に、当該貨物が当該経済連携協定の規定に基づき当該経済連携協定の締約国の原産品とされるものであることを証明した又は申告する書類を税関長に提出しなければならない。

特例申告に係る貨物について、関税定率法その他の関税に関する法令の規定により関税の軽減、免除または控除を受けようとする場合には、特例申告書に関税の軽減、免除または控除の適用を受けたい旨及びその適用を受けようとする法令の条項を記載しなければならない。

特例輸入者が特例申告を行う場合は、当該特例申告にかかる貨物で輸入の許可を受けた者について、特例申告書を作成し、当該許可の日の属する月の翌月末日までに当該許可をした税関長に提出しなければならない。

特例申告を行う場合は、特例申告にかかる貨物で輸入の許可を受けたものについて、特例申告書を作成し、当該許可の日の属する月の翌々月末日までに当該許可をした税関長に提出しなければならない。

特例申告をしようとする者が、その特例申告書の提出期限及び当該特例申告書に記載された納付すべき関税を納付すべき期限に関し、その延長を受けたい旨の申請書をその特例申告にかかる貨物の輸入の許可をした税関長に提出し、かつ、当該特例申告書に記載された納付すべき関税額の全部に相当する額の担保を当該税関長に提供したときは、当該税関長はこれらの期限を2月以内に限り延長することができる。

特例申告を行う場合は、特例申告貨物で輸入の許可を受けた者について、特例申告書を作成し、当該許可の日の属する月の末日までに当該特例申告貨物の輸入地を所轄する税関長に提出しなければならない。

関税暫定措置法第8条（加工又は組立てのため輸出された貨物を原材料とした製品の減税）の規定の適用を受けて輸入しようとする貨物については、特例申告を行うことはできない。

特例輸入者は、輸入しようとする貨物の種類にかかわらず特例申告を行うことができる。

税関長は、関税、内国消費税及び地方消費税（関税等）の保全のために必要があると認めるときは、特例輸入者に対し、金額及び期間を指定して、関税等につき担保の提供を命ずることができることとされており、特例輸入者が過去1年間において期限後特例申告を行った場合は、この「保全のために必要があると認めるとき」に当たる。

税関長は、特例輸入者が特例申告書をその提出期限までに提出しなかったときは、当該特例輸入者の承認を取り消すことができる。

納税申告をした者は、当該納税申告により納付すべき税額に不足額があるときは、当該納税申告について校正があるまでは、当該納税申告に係る課税標準または納付すべき税額を修正する申告をすることができる。

修正申告書で既に確定した納付すべき税額を増加させるものの提出は、既に確定した納付すべき税額にかかる部分の関税についての納税義務に影響を及ぼさない。

納税申告にかかる貨物の輸入の許可前にする修正申告は、先の納税申告に係る書面に記載した課税標準及び税額を補正することにより修正申告をしようとする者は、税関長にその旨を申し出て当該納税申告に係る書面の交付を受け、当該書面に記載した課税標準及び税額その他関係事項の補正をし、その補正をした箇所に押印をして、これを税関長に提出しなければならない。

先にした納税申告により納付すべき税額に不足額がある場合において、当該納税申告にかかる貨物の輸入の許可前にする修正申告は、当該納税申告に係る書面に記載した税額等を補正することにより行うことができることとされている。

納税申告が必要とされている貨物についてその輸入の時までに当該申告がないとして、当該貨物に係る課税標準または納付すべき税額の決定を受けた者は、当該決定により納付すべき税額が過大である場合には、当該決定について更正があるまでは、当該決定に係る課税標準または納付すべき税額を修正する申告をすることができる。

修正申告をすることができる者は、納税申告をしたものに限られており、決定を受けたものについては修正申告を行うことができない。

納税申告が必要とされている貨物についてその輸入の時までに当該申告がないとして、当該貨物に係る課税標準または納付すべき税額の決定を受けた者は、当該決定により納付すべき税額に不足額がある場合には、当該決定について更正があるまでは、当該決定に係る課税標準または納付すべき税額を修正する申告をすることができる。

納税申告にかかる貨物の輸入の許可前にする修正申告については、先の納税申告に係る書面に記載した貨物に係る輸入（納税）申告書に記載した課税標準または納付すべき税額を補正することにより行うことはできない。